С 1982 года раковые заболевания вышли на первое место по причинам смертности людей во всем мире. Раковые заболевания стали важной международной медицинской, социальной, экономической и научной проблемой. В прошлом МЦИ приложил немало усилий к борьбе с ними, однако для этих усилий были характерны раздробленность и недостаток четкой координации.
В 2002 году Университет восточной медицины пересмотрел свой организационный устав и создал Институт молекулярной онкологии, положив начало новой модели всеобъемлющей комбинированной терапии раковых заболеваний, базирующейся на теоретических взглядах «Медицины человеческого организма». В 2003 году были созданы онкологическая амбулатория, кабинет химиотерапии, кабинет трансплантации костного мозга, центральная лаборатория, клинико-экспериментальный центр и другие подразделения, в задачи которых входит клиническая терапия раковых заболеваний.